南京曾经是大明王朝的都城，开国皇帝朱元璋在这里建都，后来朱棣夺取了侄儿朱允文的皇位，决定迁都北京，这让南京有着特殊的地位，南直隶与其他的省也有着很大的不同，南直隶没有皇室王爷的封地，南京有着与京城差不多的官僚机构，只不过在权势方面完全不一样，这里同样保留着皇宫和锦衣卫等等，按照朝廷的规矩，南京应该是皇太子驻守的地方。
也正是因为南直隶和南京特殊的地位，郑勋睿掌控了南直隶之后，能够得到诸多的人才，尽管说这些人才距离他的要求还是有着一定的差距，但有总是比没有强很多的，在掌控南直隶的这些年，郑勋睿利用忠义堂等培训的机构，加强郑家军建设的同时，不断改造诸多官吏的思想，让更多的官吏能够为他所用。
这些所有的努力，效果很快体现出来，郑家军掌控了湖广和四川等地之后，大量的官吏被派遣去担任各级的官员，将郑勋睿的诸多思想和主张迅速的贯彻落实下去，至于说原来的诸多官吏，经过巡抚衙门以及南京吏部的考校之后，有能力的官吏抵达南京参加学习，没有能力混日子的官吏果断裁撤，至于那些贪官污吏，则是遭受到惩处，且是公开的惩处。
此举不仅得到了老百姓的拥护，也得到了士大夫和商贾的拥护，让郑勋睿提出的诸多新政能够在湖广和四川逐渐的推开，所有的困难都能够逐渐的克服。
既然决定要朝着巅峰攀登了，那么郑勋睿的做法就完全不一样了，没有必要遮掩了，他对于古人那些犹抱琵琶半遮面的做法，很是不赞同，尽管有些时候这样的做法，是为了争取到舆论的支持，这方面大清国的满人就爽快很多，嘴里说的是什么做的也是什么。
南京这个地方为郑勋睿提供了很好的阵地，他不需要耗费气力组建六部和都察院都机构，可以照搬一部分大明朝廷的体制，这样做有利有弊，有利的地方是能够得到不少士大夫和官吏的支持，毕竟诸多的士大夫和官吏是认同这一体制的，不利的地方是有些僵化的体制，必定会阻碍社会的发展。
有利的地方就充分的利用，有弊端的地方就逐步的改进，一旦夺取到天下，那么很多的制度就必须发生根本性的变化。
在四川和湖广的遭遇，让郑勋睿沉思了很长的时间，他终于决定对南京六部做出不一般的调整，这一次的调整，出乎了绝大部分人的预料。
南京六部的尚书，以及左右都御史，包括六部的左右侍郎，都进行过不同规模的调整，这些人完全都是郑勋睿的心腹，这样的安排让郑勋睿放心，他就算是长时间的离开南京，也不担心出现什么变故。
按说这样的安排需要维持下去的，不过眼界不一样的郑勋睿，很快发现其中的问题，那就是这样的安排，无形之中排斥了人才，让其他愿意依附之人望而却步。
既然你郑勋睿只愿意用自身的心腹，那么其他人看在眼里，记在心里，不愿意投奔你，人家到你这里来了，也得不到重用，也没有施展才华的机会，郑勋睿如此的安排，自己倒是放心了，可随着时间的推移，他将遭受到更大的损失，而且这样的损失是慢慢体现出来的，真的到了无法挽回的那一天，一切都晚了。
或许大规模的调整，会让郑勋睿担心一段时间，担心六部和都察院出现这样那样的问题，但只要经过一段时间的磨合，这种吸纳各方人才的做法，就会彰显出来巨大的力量，促使各地更快的发展。
凡事有利有弊，只要有利的地方远远大于不利的地方，那就毫不犹豫的贯彻落实，特别是在大政方针，更是要有快刀斩乱麻的决心和方式。
经过了几天时间的思考，郑勋睿终于下定了决心，而且是独自下定决心，没有同任何人商议，领袖的目光和下面之人总是不一样，看的更加深远一些。
崇祯十六年二月初一，郑勋睿以南京兵部尚书的名义，在兵部召集了诸多的官吏，宣布他对南京六部、都察院、大理寺、国子监以及锦衣卫、南京京营等的调整方案。
南京京营裁撤，其所拥有的官田，全部收归应天府衙，南京京营的三万军士，采用逐步裁减的方式进行整合，其原来所有的军营，直接划拨给郑家军作为军营，南京锦衣卫裁撤，所有的锦衣卫，一律遣送到京城去安置。
南京六部、都察院以及大理寺、国子监等机构，进行大规模的调整，所有的主官几乎都进行了调整。
郑勋睿依旧兼任南京兵部尚书，周延儒出任南京吏部尚书，徐望华出任南京户部尚书，杨廷枢出任南京礼部尚书，郑锦宏兼任南京刑部尚书，甘学阔出任南京工部尚书。
文震亨出任都察院左都御史，陈于泰出任国子监祭酒。
梁兴力出任大理寺卿。
文坤出任陕西巡抚，赵单羽出任浙江巡抚，李岩出任四川巡抚，徐吉匡出任湖广巡抚，马祝葵出任山东巡抚。
曹驰出任漕运总督。
吴伟业出任应天府尹，原应天府尹林宗辉出任南京兵部左侍郎。
熊文灿出任户部左侍郎。
裁撤应天巡抚、凤阳巡抚、登莱巡抚等职务，浙江、山东、湖广、四川、陕西等地，设置一个巡抚，以巡抚为最高长官，统领全省民生事物，巡抚归南京六部统一管辖，代表南京六部管辖本地的各级官吏，四品以下官吏可酌情调整，报备南京六部，四品以上官员需呈报南京六部批准，方可调整。
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