剿灭东印度公司在印度群岛据点的战斗，更是异常的顺利。
东印度公司的董事亨利被押解着跟随作战，亲眼见到了郑家军水师的强悍之后，亨利很快明白，从这一刻开始，东印度公司失去了在南亚称霸的地位，说的不客气一些，这支强悍的水师，甚至能够直接打到欧洲去，就看人家是不是有这样的心思了。
亨利是商人，商人逐利，在大致明白了大明朝廷的意思之后，亨利马上表示愿意配合，遵从大明朝廷的要求，与南亚各地以及大明王朝做生意。、
亨利的态度，让洪欣贵等人很是高兴。
三月初七，战船编队抵达巴达维亚。
此时的战船编队，已经收获巨大，剿灭东印度公司在台南和印度群岛的据点，收获巨大，沿途的一些小地方，见到了大明朝廷战船编队之后，纷纷表示顺从，拿出来了大量的物资，进献给大军，以求自身的安宁，当然对于大军提出来的要求，他们也是全盘接受的。
战船编队之中，已经有这些地方派遣出来的使者和人质，他们将跟随战船编队抵达大明，亲自向大明的皇上表示忠心。
驻守在巴达维亚的荷兰东印度公司的总督是科恩。
这是一个传奇性的人物。
科恩具有极强的战略眼光，当时的荷兰，尚未完全独立，在西班牙的控制之下，而科恩率领的东印度公司，具有非同一般的地位，可以自组拥兵、自行发行货币、与其他国家签订正式的条约，同时对南亚诸多地方实施殖民统治的公司。
毫不客气的说，当时的东印度公司，在名气上面甚至超越了荷兰。
台南以及印度群岛的机构遭遇到毁灭性的打击，这个消息尚未传到巴达维亚，毕竟郑家军水师的动作太迅速了，此刻的科恩，还在准备倾尽全力抵御即将到来的进攻。
东印度公司有接近两万的雇佣兵，拥有大型商船近两百艘，大型战船近五十艘，还有一些小型的战船，战斗力也是不一般的，这些商船和战船绝大部分都是驻扎在巴达维亚的，商船在南亚以及东海、南海等地航行，垄断日本等地的海上贸易。
东印度公司曾经败给郑芝龙的战船编队，被迫接受郑芝龙定下的规矩，每年需要拿出来大量的钱财，交给郑芝龙，才能够从事南海的贸易，这让科恩很不舒服，后来听闻郑芝龙离开了福建泉州，觉得大明水师战斗力不强了，所以开始拒绝缴纳保护费。
想不到一年不到的时间，大明水师就打到巴达维亚来了。
占着对地形的熟悉，科恩决定狠狠的打击大明水师。
巴达维亚是东印度公司总部所在地，不能够有丝毫的闪失，否则东印度公司将失去在南亚的所有利益，代之的也将损失欧洲到南亚等地的所有海上贸易。
在获悉大明水师抵达巴达维亚海域的时候，科恩已经做好了一切迎战的准备，他甚至没有打算与大明水师谈判。
海上的战斗在三月初十打响。
又是一次一边倒的战斗，庞大的郑家军水师战船编队，根本不是东印度公司战船编队所能够抵御的，亲自指挥战斗的东印度公司总督科恩，眼睁睁看着身边的战船被炮弹炸的起火和沉默，很短的时间之内，就陷入到绝望之中。
战斗持续了大半天的时间之后，科恩麾下的战船所剩无几，而郑家军战船编队几乎没有遭受到多大的损失。
巴达维亚的码头很快被郑家军水师占领，海上作战失败的科恩，来不及逃走，被郑家军水师生擒，具有讽刺意味的是，神情科恩的居然是不久之前加入郑家军的东印度公司的雇佣军，这让科恩更加的绝望。
陆地上的战斗几乎没有怎么进行，东印度公司的总督科恩已经被生擒，公司的董事会乱作一团，根本无心去抵抗了，就在郑家军将士刚刚开始进攻的时候，东印度公司的董事会选择了投降，他们是明智的，总督大人率领的战船编队全军覆没，总督大人被生擒，他们若是负隅顽抗，也就是死路一条。
这么快就彻底摧毁了东印度公司，占领了巴达维亚，这是洪欣贵没有想到的。
进入巴达维亚城内，进入了东印度公司办公的大楼里面，洪欣贵拿出来了皇上写的信函，这是皇上吩咐他占领巴达维亚、摧毁了东印度公司公司之后，才能够拆开的信函。
皇上在信函之中表明的意思非常明确。
留下两个战船编队和一万郑家军水师将领在巴达维亚，由洪欣贵出任总兵，亲自率领这一万郑家军的水师，控制南亚各地，控制南亚的海上贸易，巴达维亚与台湾岛驻扎的水师和战船编队，全部有洪欣贵率领。
摧毁东印度公司的武装力量之后，必须吸纳东印度公司贸易方面的人才，让这些人留在巴达维亚做事情，帮助大明王朝来进行海上的贸易，不过东印度公司董事会的人，不能够保留，这些人全部押解到大明京城来。
同时将东印度公司盘剥的钱财全部运送到大明京城。
看完信函之后，洪欣贵大为吃惊，他也是进入到巴达维亚之后，才知道东印度公司有一个董事会，公司所有的事情都是这个董事会决定的，总督科恩就是董事会的头头，想不到皇上知道这一切，而且还准确在信函之中表述出来了。
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