这时商毅收到琉球发来的消息时候，永安朝廷派来的代表张煌言和尚之孝己经到达了南京，绍武朝廷那一边的代表郑鸿逵和顾元镜也己经出发了，而永历朝廷也正式答复，也将会派出使臣到南京来参加会谈，现在就等着三方的代表到齐。
因此就趁着这个空闲的时候，商毅也开始布置打击日本的军事计划，前一段时间，曰本正式关闭了大阪的商馆，同时又扣压了中国的商船，抓捕了中国的商人和船员，经过了［杭州时报］的大力报导之后，在江浙一带也引起了不小的愤慨。
这个时侯的中国人对日本虽然并不仇视，但都带有一股天朝上国的敖视心里，加上这几年来商家军在海上几乎所向无敌，两败西班牙，收复台湾，进军琉球，大败曰本萨摩藩，虽然没有打出保护商人的旗帜，但也使在海外经商的中国商人扬眉吐气，腰杆也直了不少。
而在连续开通了日本和马尼拉的通商直航之后，虽然时间并不长，但却给中国商人带来了明显的利益，有不少人都准备加大投资力度，大干一场，而小小的日本虽然敢拒绝和中国通商，而且还敢扣压中国的商船、抓捕人员，当然引起了不少人的愤怒。至少在民间，有不少人都认为应该好好教训日本一顿了。
另外在商毅的暗中安排下，被曰本抓捕的中国人的妻儿老小等家属、以及家人、伙计、学徒等也联合组织起来，到南京来商毅政府请愿，请南京政府出来，帮忙救回自已的亲人。而商毅也和行政部的官员们亲自出面，接见了请愿的代表们，并且表示南京政府将会尽全力解救被日本抓的人员。
再加上［杭州时报］在背后推波助澜，对日本的反感情绪的进一步扩大起来。就连一部份官员也都觉得曰本人做得确实有些太过份了，不愿和中国做生意就算了，干嘛扣船抓人呢。
在商毅的政府内，正统士大夫出身的官员并不多，相反由于江浙地区的商业发达，大多数的官员都和商人有着千丝万缕的联系，因此在商毅的统治区内，商人有较高的政治地位，在商毅的政府里，也有一批商人利益代言人，不过这股力量并不算大，还没有能左右政局的地步。
虽然在这时，商毅己经下令海军部开始准备对日作战，但在南京政府中，还没有提出对日本进行军事，只是把这做为一种解决问题的手段之一。而更多人则倾向于先向曰本幕府提出抗议，然后看日本幕府的态度，再作打算。
但就在这时，又传来日军袭击琉球，占领了首里城，并且下令驱逐所有中国人的消息。
这一下在商毅的统制区里顿时开了锅，因为现在的琉球相当于是商毅的藩属，日本就这么悍然的出兵，袭击了琉球、占领首里城，还要驱逐中国人，实在是太有些是可忍、孰不可忍了。而且琉球与曰本直航不一样，杭州和日本直航通商才三个多月，大部份的商人在这里面都没有什么利益，但琉球己经被商毅控制了三年多，许多江浙商人都在琉球设立了自已的分店，不仅牵扯到巨大的经济利益，同时还有大量的人身安全。
而且随后又发回消息，大约有一千五百余名中国人被困在琉球的军营里，被曰军团团包围，危在旦夕，急需援军解救，而琉球被困人员的家属再一次联名向南京政府上书，这一次也明确提则,请求政府出兵琉球,解救自己的家人。因为这一次被困的人员数目更多，因此上书的人数是上一次的十数倍之多，同时在浙江还有一批商人也表示，只要商家军出动，他们愿意联合承担这次出兵的军费。
［杭州时报］再一次扮演了摇旗呐喊，推波助澜的角色，而且这次也直言不违，认为商家军应该出动，救援琉球，解救中国商人，并且狠狠教训日本一顿。
［杭州时报］一直都是商毅政府的口舌，因此不少人都从中嗅到了一丝火药味,在行政都招开的会议上，也有人正式提出，如果条件允许，应该出兵。
费了这么多事，其实商毅等的就是这一刻。尽管商毅决定，以武力打开日本的国门，迫使日本开国通商，这也是后世列强惯用的手法，而且还堂而皇之的冦以维护本国利益的名议。
但商毅知道，自己现在并不能以通商为理由，对日本用兵。一来是现在中日直航通商的利益并不大，中国的损失也没有到要用战争来解决的地步，二来虽然说在自己的政府内部，只会满口仁义道德的卫道士并不多，而且在中国历史上也不是没有纯侵略别国，而发动战争，但是为了要和别国做生意而发动战争仗，在这个时代来说，是绝对不可想像的。
虽然以现在商毅的权力，完全可以无视反对意见，强行直接下令出兵，谁也沒法阻拦。但商毅也知道，自己现在的身份已经不同了，不在只是一个普通的地方势力，而是未来的皇帝，因此不管心理愿不愿，但一举一行都必须做出一个虚心纳谏、听从劝告的样子来，这才苻合中国传统的明君形像。不是想干什么就干什厶，那怕是做正确的事情，也必须尊重正确做事的原则和方法，否则就会变成一意孤行，不听忠言。说白了皇帝也不是想干啥就干啥。由其是想当明君。
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